Бывает и так, что на страницах обнаруживается несколько ссылок rel=canonical с разными URL. Это может быть связано с плагинами для поисковой оптимизации, которые по умолчанию добавляют ссылку rel=canonical, а веб-мастер и не подозревает об этом. Если атрибутов rel=canonical несколько, то система Google обычно игнорирует их все.
В обоих описанных случаях необходимо проверить исходный код страницы и исправить ошибки. Обязательно просмотрите раздел <head> целиком, так как ссылки rel=canonical могут идти не подряд.
Просмотрите исходный код, чтобы проверить работу плагинов.